Az egyik leginkább figyelmen kívül hagyott, hogy sok fájlrendszert használ bináris fák kezelése könyvtárlistázáskor. Ritkán használják egy sima bináris fát, de némi eltérés, mint a B-fa. Ez azért van, mert az a kérdés, on-lemezt, a fa nagyon fontos a végrehajtás részleteit. Az ok, hogy használja ezt a fajta szerkezet a hatékonyság és a gyorsaság. Ez lehetővé teszi számukra, hogy a dolgokat, mint a támogatás több ezer fájlokat egy könyvtárban. Összehasonlítások fájl létrehozása és törlése alkalommal kiemelni hatásfokainak ezt a szempontot a fájlrendszer.
Bináris fák is használnak sok játékot, amelyek miatt a 3D objektumokat. Ismét az oka a sebesség. Tény, hogy a sebesség annyira fontos, hogy néhány játék motorok, mint például a Quake motor ténylegesen a bináris fa előre generált és előre optimalizált részeként a térképen fordítást.