Többszörös összehasonlítás (Post hoc) minden csoportban, miután két utas ANOVA K

szavazat
0

Én nagyon új R és segítségre van szüksége kapok, hogy ezt az elemzést akarok. Van egy dataframe ilyen (egyszerűsített):

   Gene time      Expression
1    Gene1       W1  18.780294
2    Gene2       W1  13.932397
3    Gene3       W1  20.877093
4    Gene1       W2   9.291295
5    Gene2       W2  10.939570
6    Gene3       W2  12.236713
7    Gene1       W3  13.810722
8    Gene2       W3  23.944473
9    Gene3       W3  17.355429

Azt akarom tudni, hogy van-e szignifikáns különbség az átlagos „Expression” értékeket a gének (Gene 1, 2, 3,) az egyes időpontokban (Week1, W2, W3 ...). Például, én kíváncsiak, a 3. héten (W3) a kifejezés Gene1 lényegesen eltér Gene2 végeztem ANOVA és TukeyHSD

my_ANOVA = aov(Expression ~ Gene , data = my_Data)
summary(my_ANOVA)

my_posthoc =TukeyHSD(my_ANOVA, which = Gene) 
my_posthoc

Az eredmények

  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = Expression ~ Gene, data = my_Data)

$Gene
                 diff       lwr      upr     p adj
Gene2-Gene1 2.3113763 -11.24096 15.86371 0.8631245
Gene3-Gene1 2.8623080 -10.69002 16.41464 0.8002795
Gene3-Gene2 0.5509317 -13.00140 14.10326 0.9914716

Ez ad nekem a teljes comparission a Gene1 hogy Gene2 az egész idővonal. De szeretném tudni, különösen, ha időben W1 Gene1 és 2 diffrerent, vagy mi a helyzet az időben W3

A kérdést 10/10/2019 00:44
a forrás felhasználó
Más nyelveken...                            


1 válasz

szavazat
0

Ha csak szeretné osztani az adatokat az idő és fut minden elemzés külön, hogy nagyon egyszerű, bár az adathalmaz túl kicsi ahhoz, hogy készítsen használható eredményeket:

my_Data.W <- split(my_Data, my_Data$time)
lapply(1:3, function(x) summary(aov(Expression~Gene, data=my_Data.W[[x]])))
lapply(1:3, function(x) TukeyHSD(aov(Expression~Gene, data=my_Data.W[[x]])))
Válaszolt 10/10/2019 01:55
a forrás felhasználó

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more