Igen. Facebook támogatja desktop alkalmazások, de el kell menni egy speciális hitelesítési mechanizmus. Lényegében a felhasználónak kell irányítani facebook keresztül egy webböngésző-ablakot részeként a hitelesítési folyamat.
Itt látható a dokumentációt a hitelesítési folyamat: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Login_Desktop_App
Van egy viszonylag csiszolt Java könyvtár facebook itt: http://code.google.com/p/facebook-java-api/
Ha a Java könyvtárat fentiek nem felel meg a szükségleteinek, akkor lehet építeni egy végrehajtási saját. Lényegében, akkor kell, hogy befolyásolja a Facebook REST szerver, amint a lap tetején van: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/API
Edit: Ezután néhány további kutatás még néhány forrásokat, hogy: Itt van egy lista néhány alkalmazás készült Java facebook:
http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Facebook_apps_written_in_Java
És van még egy ügyes asztali alkalmazás, amely nyílt forráskódú itt:
http://code.google.com/p/fb-photo-uploader/
Sok szerencsét!